Действие разворачивается в шестой год обучения. Гарри, получив от Дамблдора личные уроки, узнает о прошлом Волан-де-Морта через воспоминания из Омута Памяти. Улики указывают на то, что темный лорд создал несколько крестражей, и часть из них уже уничтожена. Параллельно юный волшебник находит старый учебник зельеварения с пометками загадочного Принца-полукровки. Эти записи помогают ему добиться успехов в учебе, но содержат и опасные заклинания.
В школе нарастает напряжение: Драко Малфой ведет себя подозрительно, избегая разговоров и скрываясь в неизвестных местах. Гарри уверен, что тот выполняет какое-то задание Волан-де-Морта. Рон и Гермиона пытаются разобраться в своих чувствах, а на их отношения влияет новый преподаватель зельеварения — профессор Слизнорт, который собирает вокруг себя талантливых учеников.
Во время одной из вылазок в Хогсмид Гарри и Дамблдор находят крестраж в пещере, но его охраняет магическое зелье, вызывающее невыносимую жажду. После возвращения в замок они обнаруживают, что на башне установлена метка Тьмы. Малфой с помощью Пожирателей смерти проникает в школу, и в завязавшейся схватке погибает директор. В финале Гарри узнает, что Принц-полукровка — это Северус Снегг, который убивает Дамблдора и сбегает вместе с Малфоем.