Второй учебный год в школе магии начинается для юного волшебника с череды странных событий. Домашний эльф по имени Добби внезапно появляется в его комнате и настойчиво требует, чтобы мальчик не возвращался в замок, предрекая страшную беду. Однако герой игнорирует предупреждение и вместе с друзьями отправляется на поезде, но путь оказывается прерванным: барьер на платформе закрывается, и друзьям приходится лететь на летающем автомобиле.
В стенах школы начинают происходить пугающие происшествия: ученики находят окаменевшими, а на стенах появляются угрожающие надписи. Гарри начинает слышать странный голос, который не слышит никто другой, и подозревает, что это как-то связано с древней легендой о Тайной комнате. Вместе с верными товарищами он пытается разгадать тайну, используя подсказки из старого дневника, найденного в женском туалете.
В ходе расследования выясняется, что наследник Слизерина открыл комнату, чтобы выпустить чудовище, которое должно очистить школу от «нечистокровных» учеников. Гарри сталкивается с предательством, ложными обвинениями и собственными сомнениями в своей принадлежности к факультету Гриффиндор. В финале он спускается в подземелье, где встречает огромного змея, и только верность, смелость и помощь верных друзей помогают ему одержать победу и спасти школу от гибели.