В 1962 году молодой телепат Чарльз Ксавьер встречает мутанта по имени Эрик Леншер, который умеет управлять металлом. Эрик ищет нацистского преступника Шмидта, ответственного за гибель его матери в концлагере. Чарльз предлагает Эрику объединиться, чтобы найти других одарённых людей и предотвратить угрозу Третьей мировой войны.
Вместе они собирают группу подростков-мутантов, включая Мystique, Beast, Havok и Banshee. Их тренируют для секретной операции против мутанта по имени Себастьян Шоу, который планирует развязать ядерный конфликт между США и СССР. Шоу и его сообщники, включая Эмму Фрост, хотят уничтожить человечество и установить власть мутантов.
Во время миссии на Кубе группа сталкивается с военными силами обеих сверхдержав. Чарльз пытается договориться с людьми, но Эрик, разгневанный гибелью своих товарищей, решает уничтожить флот. Это приводит к конфликту между друзьями: Чарльз выступает за мирное сосуществование, а Эрик — за доминирование мутантов. В итоге Эрик уходит, забрав с собой Mystique, и начинает формировать собственное братство, а Чарльз остаётся основать школу для одарённых детей.